Istana Jahar yang terletak berhampiran dengan Istana Balai Besar adalah di antara istana-istana yang menarik yang terdapat di sekitar bandar Kota Bharu. Malah Istana Jahar ini juga telah mula dibina dalam masa pemerintahan Sultan Muhammad II (1837-1886) setelah pembukaan bandar Kota Bharu dan pembinaan Istana Balai Besar.

Tujuan pembinaan Istana Jahar oleh Sultan Muhammad II ini adalah untuk dikurniakan kepada cucundanya yang bernama Long Kundur Bendahara. Berikutan kemangkatan Sultan Muhammad II pada tahun 1886, takhta negeri Kelantan diganti oleh Long Sulong yang memerintah dengan gelaran Sultan Ahmad. Pada masa pemerintahan baginda Istana Jahar diteruskan pembinaannya sehingga ia siap.

Pada tahun 1889, setelah tiga tahun di atas takhta Kerajaan, Sultan Ahmad mangkat dan digantikan oleh Long Kundur Bendahara dengan gelaran Sultan Muhammad III. Baginda Sultan Muhammad III telah menjadikan Istana Jahar sebagai tempat persemayaman baginda, selain daripada Istana Balai Besar. Pada masa pemerintahan Sultan Muhamad IV, baginda telah menjadikan Istana Balai Besar sebagai tempat bersemayam baginda. Namun Istana Jahar masih juga digunakan. Istana ini tidak mempunyai nama sehinggalah pada tahun 1911 selepas Sultan Muhamad IV pulang daripada melawat Singapura dan membaiki Istana ini. Istana ini diberi nama Istana Jahar, mengambil sempena nama daripada sejenis pokok bunga yang menghiasi halaman Istana Jahar. Istana ini kemudiannya dikurniakan kepada puteranya Tengku Ismail yang bergelar Tengku Seri Indera Mahkota. Selepas kemangkatan Sultan Muhamad IV pada tahun 1920, puteranya Tengku Ismail menggantikan baginda menaiki takhta Kerajaan Kelantan bergelar Sultan Ismail. Sultan Ismail tidak bersemayam di Istana Balai Besar sebaliknya bersemayam di Istana Jahar iaitu istana yang dikurniakan oleh Almarhum ayahanda baginda.